تحصیلات تکمیلی دانشگاه خوارزمی متشکل از ادارت پذیرش و ثبت نام، اداره دانش آموختگان، واحد مالی، واحد پایش آمار و اطلاعات و واحد رایانه است که در دو واحد تهران و کرج این دانشگاه به ارایه خدمات به دانشجویان تحصیلات تکمیلی می­پردازد. وظیفه اصلی مدیریت تحصیلات تکمیلی عبارت است از برنامه ریزی و هدایت دوره های تحصیلات تکمیلی، اداره‌ی امورآموزشی دانشجویان تحصیلات تکمیلی، نظارت بر حسن اجرای مقررات و آیین نامه‌های مربوطه، سیاست گذاری و برنامه‌ریزی در جهت بهینه‌سازی انجام امور محوله، نظارت برحسن انجام امور آموزشی دانشجویان و اجرای قوانین و مقررات آموزشی، پیشنهاد و تصویب دوره‌های جدید می­باشد.